Jan-Christian Warnecke leitet seit 2004 die Abteilung für Ausstellungen am Landesmuseum Württemberg in Stuttgart. Von 2007 bis 2015 war er Gründer und Sprecher des Arbeitskreises Ausstellungsplanung im Deutschen Museumsbund. Von 2014 bis 2018 war er Mitglied des Vorstands in diesem Berufsverband. International betätigt er sich im IEO (International Exhibition Organizers) und im europäischen Normierungsverfahren CEN TC 346 „Conservation of Cultural Heritage“.
Nach seinem Studium an der Hochschule der Künste Berlin, das er 1997 mit dem Abschluss des Diplom Kommunikationswirts beendete, war seine erste berufliche Station das von Daniel Libeskind entworfene Felix-Nussbaum-Haus in Osnabrück. Anschließend war er als Projektmanager im Themenpark der EXPO2000 Hannover GmbH für den „Planet of Vision“ zuständig. Es schloss sich eine Mitarbeit im Stuttgarter Büro Atelier Brückner an.
Während seiner Tätigkeit am Landesmuseum Württemberg wurden zahlreiche kulturhistorische Sonderausstellungen zu Themen der Geschichte und Archäologie realisiert. Nach umfassenden Sanierungsmaßnahmen des Gebäudes, die er als Baureferent begleitete, wurden die Schausammlungen des Landesmuseums auf 4.000 m² neu eingerichtet und das Kindermuseum „Das Junge Schloss" als dauerhafte Einrichtung etabliert. An baulichen Maßnahmen betreute er auch die Kultur Lounge Dürnitz und die Sanierung des Kunstgebäudes Stuttgart.
Er war 14 Jahre Lehrbeauftragter an der Staatlichen Akademie der Künste Stuttgart. Andere Lehraufträge übernahm er im Fach Kulturmanagement der PH Ludwigsburg und im Fach „Strategisches Design“ an der Hochschule für Gestaltung in Schwäbisch Gmünd. Außerdem leitete er Seminare im Postgraduate Bereich an der FU-Berlin und bei der Bundesakademie in Wolfenbüttel.
Er ist Herausgeber und Autor des Buches „Ausstellungsplanung – über die Zusammenarbeit von Gestaltern und Museen“ (av-edition, Stuttgart 2014).